– L’androïde ! Il est hors de contrôle !
En mission diplomatique à bord de l’Enterprise, le capitaine Picard reçoit un appel urgent de l’amiral Dougherty qui lui réclame les plans de Data afin de pouvoir le neutraliser. En effet l’androïde autrefois affecté sur l’Enterprise a révélé la présence d’observateurs de la Fédération sur la planète des Ba’ku. Ceci a entraîné une prise d’otages.
Préoccupé et interprétant les ordres, Picard se rend sur place avec l’Entreprise et découvre en guise d’otages des invités très bien accueillis par les Ba’ku. Ce peuple pacifique ne dispose pas d’une haute technologie, bien qu’ils la comprennent parfaitement.
Enquêtant, Picard découvre un vaste complot impliquant l’amiral Dougherty et le peuple des Son’a. Ces conquérants ont été incorporés récemment à la Fédération en raison des pertes qu’elle a subies durant la guerre contre le Dominion[[cf. la série Deep Space Nine]]. Cependant le projet qui viole les principes fondateurs de la Fédération, ainsi que la Première Directive a été approuvé en secret par les plus hautes instances de la Fédération. Devant une telle situation la décision de Picard est claire : entrer en insurrection contre Starfleet !
Les premières versions du scénario impliquaient les Romuliens, un imposteur ayant remplacé Picard et le retour de Lore le « frère » de l’androïde Data. Ces éléments remaniés se retrouveront dans Star Trek Nemesis (2002).
L’intrigue de Star Trek Insurrection repose sur la fidélité de Picard aux valeurs de la Fédération. Cependant on peut envisager que son idéalisme s’apparente à du fanatisme. Si le complot réussit il affectera de manière négative l’existence de 600 Ba’Ku et bénéficiera au contraire à des centaines de milliards d’habitants de la Fédération. On se rappellera qu’ayant l’occasion de détruire les Borgs Picard y renoncera ne voulant pas commettre un génocide, permettant ainsi aux Borgs de poursuivre leur mission d’assimilation et de destruction.