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L’organisation secrète des Templiers a contrôlé l’humanité grâce à la religion, la politique et la société de consommation. Aujourd’hui, est venu le temps de la science.

Alan Rikkin (Jeremy Irons) a chargé sa fille la scientifique Sophia Rikkin (Marion Cotillard) d’explorer la mémoire des descendants de l’ordre des Assassin’s. Cette société secrète, défendant le libre-arbitre, s’est de tout temps opposée à l’ordre des Templiers. C’est ainsi que Callum Lynch (Michael Fassbender) découvre la mémoire génétique de son ancêtre Aguilar de Nerha.

En 1492, ce dernier faisait partie d’un petit groupe d’Assassins cherchant à empêcher les Templiers et l’inquisiteur Torquemada (Javier Gutiérrez) de s’emparer de la « Pomme d’Eden ». Ce mystérieux artefact, créé par une antique civilisation, pourrait contrôler l’humanité.

Cette adaptation de la franchise de jeu vidéo Assassin ’s Creed alterne constamment l’année 1492 avec l’époque moderne.

Précisons que les cascades se déroulent sans effets numériques. C’est ainsi qu’un cascadeur a effectué le Saut de la Foi des Assassins en se laissant tomber dans le vide d’une hauteur de 38 mètres sur un matelas.

Un autre « effet naturel » dans le film a été obtenu lorsque le rôle de Joseph Lynch le père de Callum Lynch a été interprété par Brian Gleeson (Joseph Lynch, jeune), puis par son père Brendan Gleeson (Joseph Lynch, âgé).