L’histoire des origines se poursuit dans cette nouvelle saison et les enjeux sont plus élevés que jamais, avec l’introduction de Super-Méchants, ambitieux et dépravés et une réorganisation des alliances qui attise la soif de pouvoir pour le contrôle de Gotham City.
Avec les fugitifs en liberté, Jim Gordon doit prendre les choses en mains comme chasseur de primes à Gotham, et s’assigne la mission de trouver le cerveau à l’origine des horribles expériences. Pendant ce temps, le détective de la police de Gotham City, Harvey Bullock et le Capitaine Nathaniel Barnes se maintiennent en première ligne de combat contre le crime dans la ville infestée par les monstres.